Durch das Jahressteuergesetz 2009 sollen die Krankenhäuser von der Umsatzsteuer befreit werden. Der Bundesrat teilte am 19.12.2008 in einer Pressemitteilung mit, dass die Bundesregierung gebeten wurde, Kliniken nicht schlechter zu stellen als bisher. Der Bundesrat hatte weitere Anregungen eingereicht, die nun umgesetzt wurden. Dazu zählt, keine Beschränkung des Vorsteuerabzugs für privat genutzte Firmenfahrzeuge zuzulassen, die erweiterte Absetzbarkeit von Schulgeldern zu erreichen, die zu einem berufsbildenden Abschluss führen sollen, sowie die Gewerbesteuereinnahmen auf Windkraftanlagen nicht nur der Wohnsitzgemeinde des Unternehmens zuzuführen, sondern auch der Standortgemeinde. Durch das Jahressteuergesetz 2009 soll das geltende Steuerrecht vereinfacht werden.