Der Bundesrat hat am 19.09.2008 beschlossen, 60 Änderungen am geplanten Jahressteuergesetz vorzuschlagen. Eine wichtige Änderung sieht der Bundesrat in der Ablehnung der Beschränkung des Vorsteuerabzugs für privat genutzte Firmenfahrzeuge. Dies ginge insbesondere den kleinen Unternehmen stark zu Lasten. Weitere von den Ländern vorgeschlagene Änderungen betreffen zum Beispiel die Abgeltungssteuer, die Besteuerung von Windkraftanlagen, den Kapitalsteuerabzug, die Absetzbarkeit des Schulgeldes, die Anhebung bei haushaltsnahen Dienstleistungen auf 25% oder den Altersentlastungsbetrag bei beschränkt Steuerpflichtigen, um nur einige wichtige zu nennen. Das Jahressteuergesetz tritt mit dem Steuerjahr 2009 in Kraft.